Por si alguien necesita todavía la respuesta:
Primero, el código java va entre etiquetas <% %> en el jsp.
Segundo, para hacer referencia a la clase hay que llamarla primero con el nombre del paquete, por ej si tu paquete se llama Paquete y tu clase Project sería:
Paquete.Project objeto = new Paquete.Project ();
De esta manera estás creando un objeto de la clase Project, y a partir de allí podés acceder a sus métodos.
Espero que le sirva a alguien.
Saludos.
Ana
