Creo que con lo de "descontrol", riquelme se refería a instalar desde .tar.gz o similar. Muchas veces no son fáciles de desinstalar (andar buscando los archivos con locate no me parece muy elegante). Y el actualizar puede convertirse en un verdadero dolor de cabeza (lo digo por experiencia).
Por eso es que SIEMPRE recomiendo instalar desde rpm (o el paquete que ocupe tu distro, que para eso los crearon). Y si no encuentras el rpm, créalo tú mismo.
Hay un libro en Inglés llamado "Maximun RPM" (disponible en Google, off corse

) que explicaba todo muy claramente. En español, creo que había un HOWTO al respecto (busca en
www.insflug.org). Básicamente se trata de crear un archivo .spec que contiene la descripción del programa y algunos scripts que son necesario ejecutar en la instalación. (Es buena idea mirar el .spec de algún rpm que tengas para ir aprendiendo).
Y si no quieres perder las ventajas de compilar tus programas, siempre está la opción de los src.rpm (código fuente empaquetado en un rpm, que puedes recompilar con un simple "rpmbuild --rebuild miprogramitaquerido.rpm" en Red Hat 8.0).