En el último trozo de código lo que tienes que hacer es verificar que hayas introducido antes las imágenes de una en una. algo así:
Código PHP:
if($uploadfile[0] and $title1)
$imagen="UPDATE imagen SET id_in='$id_in',img1='$uploadfile[0]',title1='$title1'";
mysql_query($imagen);
if($uploadfile[1] and $title2)
$imagen="UPDATE imagen SET id_in='$id_in',img1='$uploadfile[2]',title1='$title2'";
mysql_query($imagen);
etc...