Bueno Maicro, vamos a aclarar algunas dudas.
Tal vez estés confundiendo dos cosas distintas. Por un lado están los carritos de compra, que son aplicaciones web en PHP, ASP y demás, para que el usuario pueda realizar transacciones comerciales. Es decir el puro sistema, archivos de código, que luego tenés que subir a tu servidor y personalizar vos.
Y por otro lado hay empresas que ofrecen el servicio completo. Les pagas y ellas implementan y mantienen el comercio, la parte técnica digamos.
Ambas opciones son personalizables. Para alguien que no sabe programación para sitios dinámicos como PHP o ASP, es bastante complicado mandarse de cero uno de estos scripts de varios documentos. Pero en cambio instalar uno pre-fabricado es bastante más sencillo.
En
estas faqs de este mismo foro tenés una lista de carritos de compra.
Saludos!