El proposito de un cms es que el contenido lo gestiones desde el administrador sin tener que estar modificando los archivos. En este caso para agregar imagenes con vinculos seguramente tu plantilla tenga una posicion en la cabecera y si queres mas posiciones las creas y listo, luego en el modulo html personalizado cargas la imagen y le aplicas un vinculo que correspondaa tu articulo luego seleccionas la posicion y si quieres que esa imagen aparezca en todas las paginas del sitio o solo en una eso tambien lo puedes seleccionar.
Aqui te dejo un enlace donde se explica como crear posiciones.
http://foro.comunidadjoomla.org/desa...omla-t447.html