No es en absoluto perjudicial. no es contenido duplicado ya que una redireccion 301 sirve precisamente para evitar eso.
En la web de mi firma,
blog de tecnología, tengo este sistema implementado y no perjudica lo más mínimo.
De esta forma evito que se pierda el flujo de mis links. Y si una URL desaparece por el motivo que sea... nunca habrá un error 404. ¿Que gano? Google no ve ningún error de este tipo ya que siempre hay un 301 que redirige al index. ;)