Te complicas demasiado el calculo, trabaja todo como timestamp (fecha y hora) y obtienes directamente la diferencia en segundos:
Código php:
Ver original$HoraEnt=BBDD::ConsultaHoraEnt($consulta);
// time() es la hora actual, conviertes $HoraEnt en timestamp y calculas la diferencia
// Conviertes en minutos como lo haces normalmente
$mindif = floor($dif/60);
El problema era que al hacer el calculo con solo horas pierdes el control cuando el usuario ingresa en los ultimos minutos del dia y sale ya en el dia siguiente.