Como que hacerlo transparente.....??
Yo se como hacer un swf transaparente pero para la web pues no se aque yte refieres ya que transparente??? Pues no pongas nada...... Para el swf pon esta etiqueta donde pones las otras para llamar al swf desde html
<PARAM NAME="WMode" VALUE="Transparent">
Si no es lo que quieres trata de poner un ejemplo o ser mas especifico......