Yo tampoco recuerdo las funciones para darle permisos CMOD con PHP pero te suguiero esto, si es q no encuentras otro solucion.
1.- Con Cpanel o con el CAP que tengas create una cuenta FTP con acceso al root, dale todos los permisos y un password
Ahora adiere estas lineas en tu script en PHP y listo.
Código PHP:
$ftp_user = "root";
$ftp_pass = "mipass";
$ftp_connect = ftp_connect('ftp.miservidor.com');
$ftp_login = ftp_login($ftp_connect, "$ftp_user","$ftp_pass");
ftp_pasv ($ftp_connect, true);
Saludos!
P.D : Adierelas al principio de tu script