Cita:
Iniciado por webosiris 
revisa en Preferencias -> Privacidad no esté activada la opción "Borrar historial al salir de firefox" . Esa opción creo que es nueva del Firefox 3.5, la cosa que a mi también me pasaba algo muy similar y era esa opción, que te borra no solo el historial sino cookies y todo lo demás.
Seguro que es por lo que comenta webosiris. Yo lo tengo instalado y la ruta en Firefox 3.5 es:
Herramientas->Opciones->privacidad->Firefox podra: "Recordar Historial"
Saludos