Pues la diferencia es.... 100W!!!
Pero aquí no es cual es mejor para tal ocasión, sino para que PC es mejor una de 400W o una de 500W. Si tu PC necesita mas energía puede que incluso necesites hasta una de 750W, depende netamente de tu hardware.
Que funcionen igual no significa que hagan lo mismo, no solo el valor de los Watts cambia sino también otras cosas como el Amperaje, la(s) linea de 12v, la cantidad de enchufes que trae, etc.
Pero para placas (PC's) viejas o nuevas, la cosa depende de que tan vieja o nueva sea, hay varias versiones de fuentes: AT, ATX, ATX de 20 pines y ATX de 24 pines, así que si posteas que placa tienes te podría recomendar una fuente.
Salu1+1