Hola , lo que borraste son ficheros de ejemplo , no tengas miedo. el fichero de configuración apache esta dentro del directorio apache , pero con crear un fichero con extensión .htaccess espeficando el orden de prioridad de indexs ya sirve dicho fichero deberia ser asi:
.htaccess
Código php:
Ver originalDirectoryIndex index.php index.html index.htm
Dicho fichero ve a tu bloc de notas y al momentod e guardar como selecciona todos los archivos.
Te dejo un link de referencia:
http://mundogeek.net/archivos/2005/05/04/htaccess/
Saludos!