toFixed es una funcion para los valores tipo numerico. la propiedad value es de tipo string. intentalo de esta forma.
Código:
function Suma(isChecked, myValue){
if (isChecked) document.form1.total.value = (Number(document.form1.total.value) + Number(myValue)).toFixed(2);
else document.form1.total.value = document.form1.total.value = (Number(document.form1.total.value) - Number(myValue)).toFixed(2);
}