Hola.
Lamentablemente desde ftp con .net no podes subir una carpeta entera, tenes que ir creando carpetas y subiendo archivos dentro. Yo una vez para solucionar este problema primero comprimia la carpeta (todo desde ,net) luego la subia por ftp y la descomprimia.
De todos modos en el sitio de codeproject tienen una librería muy buena para ftp:
http://www.codeproject.com/KB/IP/FtpClient.aspx