Por lo que veo, para que te funcione solo te falta un eval. Asi:
Código PHP:
<script language="javascript">
function valida() {
var x=50;
var cadena="marca";
for (p = 0; p < x;p++) {
cadena="marca" + p ;
comando="document.central.";
m=".checked=true";
eval(comando + cadena + m);
}
}
</script>
Pruébalo y dime.
Saludos.