Holas
ME PARECE que tiene que ver con el Servidor y los Permisos...
Yo he instalado NukeET en Servidores Remotos y nunca tuve problemas.
Podrias probar el
WAMP para Servidor Local, yo con ese nunca tuve drama alguno; si vas a subirlo, podrias probar
Byethost ya que te modifica automaticamente los permisos.
Saludos y Suerte