hacelo a traves de un bucle while, por qué usas siempre un if para una operacion obvia, eso es cargar tu aplicacion de codigo basura.
Código PHP:
<?php
$producto=$_REQUEST['producto'];
$result=mysql_query("select * FROM separacion WHERE producto='$producto' nombre='$nombre'",$link);
while ($row=mysql_fetch_array($result))}
$sql="UPDATE usuarios SET cod= cod + 1 WHERE documento='$documento'";
$result=mysql_query($sql, $link);
$sql="DELETE FROM separacion WHERE producto='$producto' and nombre='$nombre'";
$result=mysql_query($sql,$link);
}
?>
cualquier duda me lo haces saber