Hola Amigo, Como aconsejaron arriba. El planteo es bastante simple, si la web te parece que puede mejorar en cuanto a extructura entonces ni lo pienses.
- La rediseñas planificando la estructura de la web.
- Tratas en lo posible de que las paginas que poseen muchos enlaces entrantes se mantengan como estan y las que no podes mantenerlas haces un redireccionamiento
- Que no queden paginas indexadas con errores 404.
- elegi bien los nombres de las direcciones nuevas
- Maqueta la web correctamente, respetando una semantica.
- Otra cosa importante si vas a rediseñar es que tengas en cuenta incluir contenido, el pilar fundamental es que la pagina tenga contenido.
Si haces todo eso y lo vas mejorando, el unico riesgo que podes correr es que la pagina decaiga un poco al principio, las primeras semanas, pero si le evaluas a un plazo medio (1 o 2 meses) seguramente seras muy recompensado por hacer bien las cosas.
Son simples consejos, tomalos o dejalos.