Bueno, es que para IE 48% + 48% + (1% * 4) = 101%
El problema aparentemente resulta cuando en un calculo porcentual te da como medida pixeles en fracciones, ejemplo: 1024 * 48% = 491.52 px, IE lo convierte a 492px, al renderizar todos los elementos, su anchura sobrepasa el espacio disponible.
Tal vez podrias bajar a 47% cada columna para tratar de evitarlo.