SteveMorrison, creo que el problema es con tus link.
debes ver si son relativos o absolutos, y si estas apuntando al objetivo del link.
Aqui una buena definicion
Si todos los archivos estan dentros del mismo directorio basta con hacer el link directo al nombre de la pagina. Si esta dentro de una carpeta debes dar el nombre de la carpeta y luego de la pagina.
Si esta fuera de la carpeta debes salir de esta utilizando ../
te dejo un link donde creo explican mejor que yo esto y te servira para solucionar tu problema.
http://www.comocreartuweb.com/herram...a-r-rutas.html
Salu2