Problema IIS6.0 e IIS 5.1

[CiberPunk]

Hola amigos, les cuento mi problema.

Tengo una aplicacion en VB.NET que bajo un IIS 5.1 en Windows XP corre perfectamente, pero que cuando lo subo a un Windows 2003 Server con IIS 6.0, funciona todo menos un metodo que accede a una DLL para recuperar Datos de un directorio activo, es bastante curioso porque cojiendo el mismo codigo que hay en el IIS 6.0 y creando un directorio virtual en 5.1 no da ningun fallo.

Que peculiaridades puede haber entre estas dos versiones que puedan originar el error ?, o que archivo de sistema me puede faltar... la verdad es que no doy con la solucion.

Muchas gracias de antemano!