Hola.
Luego que el usuario ingresa al sistema podes mostrar un form que tenga un archivo flash (swf) con la animación:
Tienes que arrastrar un objecto Shockwave Flash al Form desde la barra de herramientas. Si es la la primera vez que lo utilizas tendras que agregarlo (Elegir elementos -> Componentes COM -> Shockwave Flash Object). Luego es cosa de cargar la animacion con:
this.axShockwaveFlash1.Movie = direccionAmimacion;
La otra que podes hacer si no queres usar flash es meter un gif animado. Mas alla de lo que decidas usar como animación, para dicha animación podes hacer un splash si queres:
http://www.codersource.net/csharp_splash_screen.aspx