Tienes TOOOOOODA la razón, lo he metido dentro del bucle de productos y BIEEEEEEEEN!!!!!!!!
FUNCIONAAAAAAAAAA!!!!! 
Estoy supercontenta
MIL GRACIAS!!!, por todo el tiempo que has empleado conmigo Sale todo bien, todos los productos y ordenados alfabéticamente GRACIAS, GRACIAS, GRACIAS
(Anda, que no me queda por aprender...)
Aquí lo dejo por si a alguien le sirve...
Código PHP:
if($id_categoria or $id_marca){
// 1) Buscamos la relación dependiendo de si la búsqueda es con id_categoria o con id_marca o con id_categoria e id_marca
$where = array();
if($id_categoria) $where[] = "id_categoria=$id_categoria";
if($id_marca) $where[] = "id_marca=$id_marca";
$where_string = (count($where)>0)? "WHERE ".implode(' AND ', $where):"";
$conn = db_connect();
$query_r = " SELECT id_relacion FROM relaciones $where_string";
$result_r = @$conn->query($query_r);
$num_rows_r = $result_r->num_rows;
echo "Relaciones encontradas: ";
echo $num_rows_r;
echo "<br />";
// 2) Buscamos la marca, sección, categoria y productos
if($num_rows_r){
$res_query = array();
while($row = $result_r->fetch_assoc()) {
$res_query[] = $row['id_relacion'];
}
$query_producto =
"
SELECT *
FROM productos
WHERE id_relacion IN (".implode(",",$res_query).")
ORDER BY $orden ASC
";
$result_producto=@$conn->query($query_producto);
$num_rows = $result_producto->num_rows;
// 2.1) Extraigo sección, categoría, marca y los datos de los productos
while($row_producto=$result_producto->fetch_assoc())
{
$id_relacion = $row_producto['id_relacion'];
$conn = db_connect();
$query_mc =
"
SELECT *
FROM marcas, categorias, relaciones, secciones
WHERE secciones.id_seccion=$id_seccion
AND relaciones.id_relacion=$id_relacion
AND relaciones.id_marca=marcas.id_marca
AND relaciones.id_categoria=categorias.id_categoria
";
$result_mc = @$conn->query($query_mc);
$row_mc = $result_mc->fetch_assoc();
echo "\n<div id='producto'>\n";
echo "<div id='img_dcha'>";
echo "<img src='imagen_mini.php?valor=" . $row_producto['id_producto'] .".jpg' />";
echo "</div>\n";
echo "<div id='capa_listado'>\n";
echo "<div id='tit_producto'>";
echo "[" .$row_mc['nombre_marca']. "] ";
echo "<a href='busqueda.php?id_seccion=" . $id_seccion . "&id_categoria=" . $id_categoria . "&id_marca=" . $id_marca . "&id_producto=" . $row_producto['id_producto'] . "&id_relacion=" . $id_relacion . "&frase=" . $frase . "'>";
echo $row_producto['nombre_producto'];
echo "</a>";
echo "</div>\n";
echo "Precio: ";
echo number_format($row_producto['precio'], 2, ',' , '.');
echo " €<br />";
echo "\n</div>\n";
echo "</div>\n";
}
}
else{
echo "<br />No se han encontrado productos<br />";
}
}