Creando el link en el mismo lugar que ponés el código.
Vos tenés algo asi:
Código:
<script language="javascript" type="text/javascript">
bla bla
</script>
Solo tenés que crear un archivo ".js" con el script y luego linkearlo así:
Código:
<script language="javascript" type="text/javascript" src="js/tu_script.js">
</script>
Obviamente subís el archivito .js al server tambien.