Hola, pues tu codigo si te da una matriz 3xn, o que es lo que quieres exactamente, si a lo que te refieres es a los numeros dentro de las celdas, pos nadamas pon una variable,
Código PHP:
<?php
echo "<table width='500' border='1'>\n";
$h = 1;
for($i=1; $i<9; $i++) {
echo "<tr>\n";
for($j=1; $j<=3; $j++) {
echo "<td> $h </td>\n";
$h=$h+1;
}
echo "</tr>\n";
}
echo '</table>';
?>