Cada dos por tres debo borrar las cookies...

[buzu]

Y cada cuanto es que estás actualizando los javascript? Digo por que si es muy seguido entonces lo que tienes no es un problema de cache, sino de estrategia. Seguramente te estás acercando al problema por el lado equivocado. Si desactivas el cache vbas a causar por lo menos dos problemas:

1)Vas a prolongar el tiempo de carga de tu sitio haciéndolo más lento.
2)Vas a hacer más peticiones a tu servidor provocando que el uso del ancho de banda se dispare.

Sinceramente no creo que desactivar el cache sea la solución ya que estás causándote dos problemas para resolver uno. Idealmente la resolución de problemas no debe crearte ninguno nuevo.

Que es lo que cambias en tus archivos de Javascript y por que? Probablemente, como ya te lo dije, te estás acercando al problema por el lado equivocado. Puede ser que exista una forma más eficiente de resolver el problema.