Oppsss, éste se me había pasado 
Hola
Négora:
¿quieres conseguir una estructura de 2 cajas, la superior de altura fija y la siguiente que "ocupe" el resto de la ventana sin que aparezca el scroll a no ser que el contenido aumente, y en el caso de que aparezca, el scroll debe aparecer en la ventana (desaparecería por arriba la primera caja) o en esa segunda caja y por lo tanto la primera se mantendría siempre visible?
¿Y qué contenidos vas a colocar en ellas? ¿En la superior enlaces que se cargarán en la inferior?
Sobre tus reflexiones unos apuntes rápidos, aunque supongo que ya te son conocidos:
El 100% de un elemento en sus medidas es el 100% de su ancestro que lo tenga declarado. Por lo que si tiene hermanos con tamaños, la medida de su padre será la suma de los tamaños de todos sus hijos.
¡Cuantos quebraderos de cabeza nos ahorraríamos si los ie entendiesen "display:table | table-row | table-cell". Pero ahí están para sus seguidores y defensores.
Supongo que sabes que las tablas redimensionan sus celdas en función del contenido, y que para evitar cosillas habría que añadir "table-layout:fixed" para evitarlo, además de fijar las anchuras y alturas en el css. Y lo más importante, a no ser que vaya a ser una información tabulada, sería erróneo utilizarlas.
Dioses! que plastazo acabo de soltarte seguramente para nada
Comenta lo del primer párrafo y así nos divertimos juntos
Un saludo