Cita: ahora el problema es que las direcciones se añaden perfectamente pero no donde deberian se supone que cada direccion debe estas por ensima de
En ningun momento especificas de que se añada antes de </urlset>
Obten todo el contenido del archivo, borra la ultima linea añade el boque <url> y luego vuelve a poner el </urlset> al final.
http://www.php.net/manual/en/ref.filesystem.php