Hola
Stoneplus,
Si no tienes experiencia manejando sistemas Linux, lo recomendable es que contrates a una empresa de Adminstración de Servidores para que haga un análisis del sistema y averigue por qué pasa eso, pueden ser muchas las causas, la línea a tope, el kernel mal configurado, el servidor web, etc, etc. En base a lo que te determinen verás si hacer un upgrade de la línea a una de 1Gbit o no.
Si el servidor es administrado, exige soporte a tu proveedor de Hosting
Saludos,