Bueno deveras trabajar de otra forma. La mejor forma es separar procesos de visual usando la técnica de Modelo Vista Controlador (MVC)
http://es.wikipedia.org/wiki/Modelo_Vista_Controlador
Esto te permite tener toda la lógica de negocio muy aparte de las pantallas visuales permitiendote tener proyectos separados.
1- proyecto de objetos y procesos
2- proyecto asp.net
Cuando necesites hacer un update a solamente un método de una clase lo haces en el proyecto de objetos y solo le pasas el dll a tu sitio web asp.net en producción poniendo el dll dentro de la carpeta bin.
Si tienes que hacer cambio de diseño lo haces todo por el aspx cambiando tablas en el html.
Si el cambio es muy grande entonces ya no se llama cambio sino adaptación de nuevas herramientas y eso requerira que se haga un update de el asp.net completo por si se agregarán nuevas pantallas.
Mientras más modulos tengas para cada sección que no dependa de la otra será mejor para tí porque un cambio no afecta la otra parte.
Saludos,