Código PHP:
<script>
function abrirPopUp(lista){
var valor = lista.value;
if(valor=="agregar"){
window.open('agregar.php');
}
if(valor=="eliminar"){
window.open('eliminar.php');
}
}
</script>
Estaba mal escrito function ....
y como consejo ponle un opción vacia al select para que puede ejecutarse el onChange
Que quede por ejemplo asi
-- Opción --
Eliminar
Agregar
Ademas si quieres eliminar creo que deberia adjuntar a la url el codigo que quieres eliminar
Saludos