no se preocupen
ya encontré la solución.
La animación constaba de mas de 500 fotogramas, asi que convertirlos uno a uno es un trabajo de monos. Así que me he creado un bach process en Photoshop con una macro de acción que me hace todo el trabajo automáticamente: coger todos los PNG, extraer el canal alfa y pasarlos a un nuevo forograma convertido o exportado a .TGA.