Bueno una de las causas por lo que sucede esto es porque eliminastes la carpeta metadata de la carpeta de trabajo, lo que puedes hacer para solucionar aquel inconveniente es ir a:
PATH_ECLIPSE/configuration/.settings, en donde encontrarás el archivo: org.eclipse.ui.ide.prefs
#FECHA INSTALACION ECLIPSE
RECENT_WORKSPACES_PROTOCOL=3
MAX_RECENT_WORKSPACES=5
SHOW_WORKSPACE_SELECTION_DIALOG=false
eclipse.preferences.version=1
RECENT_WORKSPACES=CARPETA_TRABAJO
en el cual deberás cambiar:
1)SHOW_WORKSPACE_SELECTION_DIALOG=true; esto para que te vuelva a pedir una carpeta de trabajo.
2)Comentar #RECENT_WORKSPACES=CARPETA_TRABAJO
vuelve a lanzar el eclipse y selecciona desde el dialog cualquier carpeta y listo.
