Si tienes control sobre la configuracion de el IIS y el Dominio puedes crear un usuario que sea el que use el WebServices, configuras el IIS para que autentifique por medio de Windows y deberas iniciar el WebServices primero mandandole las credenciales para poder usarlo.
Es lo más comun que se hace.
Un ejemplo de autentificacion antes de usar algun método sería:
// Crear objeto WebServices
CSWebservices.IWAWebservice objws =
new CSWebservices.IWAWebservice() ;
// Crear objeto de credenciales
NetworkCredential objCredential =
new NetworkCredential("Test", "test", "yourdomain") ;
// Pasarle las credenciales a el objeto WebServices
objws.Credentials = objCredential ;
// Llamar al método sin problemas de autentificacion
CSWebservices.MyIdentity objIdentity ;
objIdentity = objws.GetMyIdentity() ;
Saludos,
nota: puedes ver más desde aquí
http://www.15seconds.com/Issue/020312.htm