Hola. Antes que nada tienes que tener abierto los paneles de "Fill" (relleno) y "Mixer" (mezcla) a la vez. Entonces una vez que haz hecho el degradado, en el panel Fill eliges con un click el color que quieres que sea transparente. Luego en el panel "Mixer" tienes la opcion de cambiarle el alpha al color seleccionado.
Si se entendió, no?