Eso ya no es problema de tu codificacion. Es el propio servidor que las incorpora. Intenta subir una copia de la web en un servidor gratuito y probar si sigue saliendo.
Si sigue saliendo es probable que estés usando algun otro programa como publisher o frontpage que modifica el codigo antes de subirlo.
Sino, si en el gratuito no sucede nada, es la empresa de hosting la que provoca eso.
El servidor gratuito que te puedo recomendar es
www.awardspace.com para linux y
www.jabry.com para windows.