Porque no usas sino en el area otro parametro como por ejemplo name para pasar el nombre de la direccion web? ejemplo
Código PHP:
function hacerPopup(name) {
window.open(name,'_blank','width=100,height=100');
}
Código HTML:
<area id="malaga" name="htt p://w ww.miweb.com" onclick="hacerPopup(this.name)">
la funcion hacerPopup recibe un parametro que se va a usar como direccion URL en la funcion window open, y este parametro va a ser el nombre de cada area ya que al clickear sobre un area envia el valor this.name osea en tu caso el link a la pagina de esa area. Cualquier cosa avisame...
Saludos