Vale he resuelto el problema usando break en vez de continue, que lo habia entendido mal.
Te lo voy a intentar poner en pseudocodigo:
Cita: desde (i=0;i<longitud array1;i++)
desde (j=0;j<longitud array2;j++)
si array1[i]==array2[j]
// El elemento array1[i] se encuentra en array2, en la posicion j
break;
else si j=longitud array2
// Esto quiere decir que hemos llegado al final de array2 y no se ha encontrado
// ningun elemento que coincida con array1[i]
alert('El elemento '+array1[i]+' no se encuentra en array2'); // Esto lo puedes cambiar por lo que quieras hacer con el dato
fin del if
fin del bucle array2
fin del bucle array1