capa superior que ocupe el 100% + scroll

[Adler]

Hola

El "problema" está aquí

position:absolute; width:100%; height:100%;

le dices que ocupe el 100% del largo, y eso es lo que hace. Deja de hacerlo cuando hay scroll, por que 100% en este caso se refiere a la porción del documento visible sin hacer scroll.
La solución sería predeterminar height. Después a medida que vaya cambiando las dimensiones del vídeo, ir modificandolo. Para ello puede usar la función cambialo()

var sumaalto = parseInt(alto);
sumaalto += parseInt(200);

if (sumaalto < 460) { //Esto es equivalente a la pantalla disponible y resolución
sumaalto = 460;
}

document.getElementById("veocine").style.height = sumaalto + "px";

Nota._ 200 es simbólico, sería la suma de todo lo que está por encima y por debajo del vídeo

Suerte