Problema innerHTML y <scripts>

[propse]

mm perdon, fue un lapsus al escribir este script de ejemplo, efectivamente es type="text/javascript" y asi lo tengo puesto en mi script, pero no consigo hacerlo funcionar.

Y respecto a lo que dices alegg, eso seria una solucion , pero siempre y cuando el script fuese siempre el mismo, pero no es asi.

Me refiero a que el script esta dentro de un CDATA de un XML, junto con texto html y demas, pero ese script digamos que lo define el usuario, y el usuario es el que dispone del archivo XML, por lo que es como "programar" en html sobre xml, y luego mi aplicacion lo parsea y lo muestra todo dentro de un div (cosa que ahora mismo hace correctamente, pero unicamente con el HTML que esta dentro de CDATA, el codigo javascript se lo come, y creo que es problema del innerHTML).