Primero para hacer una aplicación en java debes conocer algunas tecnologias de Java como son JSP, Servlet y otras cosas mas, por si no vas a usar un framework. Te recomiendo que uses el Eclipse como IDE, el tomcat como Servidor Web y como servidor de Base de datos puedes trabajar con MySQL, puedes usar el Dreamweaber para realizar el diseño de tus JSP, pero te recomiendo que uses eclipse nomas.
Ahora pues si te pones a buscar en google vas a encontrar bastante información, o si te das un tiempo de buscar en este foro encontraras bastante informacion. Si deseas algun libro te lo puedo alcanzar por MP, puedes encontrar buenos tutoriales en portales como
www.javahispano.org,
www.adictosaltrabajo.com, etc.