Hola, josemari.
Despues de hacer un par de intentos y no conseguirlo, se me ha ocurrido mirar en las FAQs de JavaScript, y hay mismo tienes un código para centrar pop-ups. ¿Y quien te crees que lo ha puesto? ¡¡Pues yo mismo!!
Esta visto que mi memoria ya no es lo que era
Bueno... antes de que se me vuelva a olvidar te dejo el enlace:
Enlace
Saludos,