Cita:
Iniciado por elAntonie 
Wenas.
Has probado con request.getContextPath()?? Te devolvera el directorio raiz de tu aplicacion. A partir de ahi sacarias la ruta.
Saludos.
Hola elAntonie.
Muchas gracias por contestar.
Seguramente con request también funcione, pongo aqui la solución:
Código:
<%@ page import="java.io.*" %>
<%!
String LeerFichero(String url){
BufferedReader fichero = null;
String sFichero ="";
try{
FileReader flujo = new FileReader(getServletContext().getRealPath(url));
fichero = new BufferedReader(flujo);
int i = 0;
String linea;
while((linea=fichero.readLine())!= null){
sFichero += new String(linea.getBytes("ISO-8859-1"), "UTF-8");
}
fichero.close();
}
catch(Exception e){
sFichero = "Excepcion " + e;
}
return sFichero;
}
%>
Esta función también soluciona el problema de mostrar acentos, eñes, etc... con la función de conversión a UTF-8. Espero que a alguien más le sirva.
Lástima que al final a mi no me vaya funcionar, pensaba que esta función se ejecutariá al pulsar un enlace <a> </a> pero nada..
Saludos y gracias de nuevo por contestar.