El "clonado" sucede debido a que dos veces al producirse el evento onreadystatechange el readyState es 1.
Puedes colocar el mensaje de "Cargando..." directamente al enviar la petición. O también, otra opción es poner un contenedor dentro de ese <div> y en el onreadystatechange cambiar el contenido de ese contenedor creado.
EDITO: Haciendo algunas pruebas pude constatar que eso ocurre debido a que asignas primero el evento onreadystatechange y después llamas al método open() (eso hace que dos veces se produzca el evento con el mismo valor para readyState), cambia el orden y debe solucionarse el problema.