No funciona en donde?. yo veo que funciona perfectamente como lo tienes, pueden llevar también el mismo z-index donde tu lo tienes diferente.
Código html:
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<br><br><br>layers de igual dimension
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Sería bueno que leas bien los manuales, ya que si los hubieras leído como dices no tendrías este problema.
PD: Testeado en IE6,7, Chrome,FF, Safari y opera.