Hola!! MisatoKatsuragi
Yo tenia el mismo problema,mi archivo .htaccess añadia las carpetas y las variables cada vez que hacia una peticion.
Intente con varias reglas pero ninguna me funciono, asi que recorde que en un post lei que un comentario que decia que al usar .htaccess muchas veces los links y peticiones a servidor deben tener una ruta absoluta a tu dominio, no se que tan cierto sea esto pero a mi me a funcionado.
Lo solucione de este manera:
mi archivo .htaccess esta configurado asi:
Options +FollowSymLinks
RewriteRule ^prueba/(.+)/(.+)/(.+)?$ index.php?destino=$1&minimo=$2&maximo=$3
No hay mucha ciencia en mi .htaccess solo es una llamado a un php pasandole 3 variables
la clave a mi solucion fue que en los link llamo a mis archivos php con un url absoluta:
//defino mis variables
$destino=$_get['destino'];
$minimo=$_get['minimo];
$maximo=$_get['maximo'];
<a href='RUTA ABSOLUTA A TU DOMINIO/prueba/$destino/$minimo/$maximo' target='_self' >ir destino</a>
Como puedes ver al colocar url absolutas se soluciona, tambien se soluciono así un problema con los archivos css que no querian funcionar a causa del .htaccess, los llame con url´s absolutas y funcionaron.
Espero te pueda ser de alguna utilidad mi solución ydisculpa que no pueda mostrarte como quedaria mi enlace completo, pero el foro no me lo permitio.
Saludos desde Mexico.