Indexacion de pagina en php con / y sin /

[seofrece]

os comento el problema, no tengo mucha experiencia con el php, a los moderadores avisar de que esto va por el tema seo, de hecho se de seo y no de php es por esto que no se porque me sucede lo que cuento a continuación:

Tengo que posicionar una página. Está en php, le cambie las metas y tal, los programadores implementaro en el cms los campos para poder insestar las metas. Yo doy toda la información, por si las moscas, a lo mejor hay datos irrelevantes pero bueno. desde entonces consulto las páginas que indexa google y si actualiza ya el contenido y tal, y me encuentro que ha indexado dos urls en teoría del mismo archivo:

una tal así:
/index.php?url=empresa.php

y otra tal así:

/index.php/?url=empresa.php

El problema es que en el segundo ejemplo el resultado que me muestra es un menú y ya está. la página negra, pues el fondo es negro y el menú, no me importa por el posicionamiento (auqnue también pregunto, debería preocuparme?), mi gran duda es porque hace esto google y de donde se ha sacado esa url?

Muchas gracias de antemano.