en php tienes zend por ejemplo :
http://framework.zend.com/
Symphony
http://www.symfony-project.com/
Seagull :
http://seagull.phpkitchen.com/
son algunos de los mas usados puedes hecharle una miradilla si quieres una lsita completa de los que mas se ven por la web :
http://www.phpframeworks.com/
en js tienes prototype que es el mas usado sin logar a dudas :
http://prototype.conio.net/
despues tienes scriptacolous que ha ganado bastante terreno :
http://script.aculo.us/
otros que conosco moofx y jquery sus links :
http://moofx.mad4milk.net/ y
http://jquery.com/ respectivamente
en css tienes 960 grid
http://960.gs/ no lo conocía hasta que lo nombro en un post de hades87 justamente :
http://www.forosdelweb.com/f91/taman...le-web-714643/
y blueprint :
http://www.blueprintcss.org/ que son los que conosco.
java no es mi fuerte pero te dejo una web llena de sus frameworks para investigar :
http://java-source.net/open-source/web-frameworks
saludos