Lo que puedes es retirar el display:bock de #menu
Si habrá situaciones en las que éste sea mayor (de altura) que #main añade el margen-bottom a #menu.
O también podrías añadir en el html:
<div class="corte"></div>
antes de abrir <div id="footer>, y en el css definirlo como:
.corte {clear: both;}
Por cierto, ¿qué sentido tiene: <div id="clearing"/> justo antes de cerrar #container?
Un saludo