Básicamente son lo mismo, la diferencia es que fat32 no soporta archivos de más de 4GB y la NTFS sí, así que ponle lo que quieras a cada una... Yo por ese tema suelo preferir NTFS como para no tener limitación, así que quizá poner un 10% de FAT32 y un 90% de NTFS te puede valer.
Otra cosa, si el disco es grabador, es posible que sólo pueda grabar en FAT32, en ese caso si lo vas a usar para grabar dale más tamaño a la FAT32 para no quedarte sin espacio.
Lo que no entiendo es ese requisito de tener dos particiones
